Die Abwasserentsorgung ist eine Pflichtaufgabe der Gemeinde im eigenen Wirkungskreis. Der Markt Scheidegg ist Mitglied im Abwasserverband Rothach, welcher für die Abwasserentsorgung im Gemarkungsbereich Scheidegg zuständig ist. Dieser betreibt im Ortsteil Bremenried in Weiler eine zentrale Kläranlage für den gesamten Verbandsbereich. Für die Abwasserentsorgug des Gemarkungsbereiches Scheffau ist die Gemeinde selbst zuständig. Das im Bereich Scheffau anfallende Abwasser wird der Kläranlage des österreichischen Abwasserverbandes Rotach in Langen zugeleitet.